Фамилия Трафанов редкая и неочевидная. Если отбросить случайное созвучие с «трафаретом», сразу попадаешь в область прозвищ и диалектной лексики.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Трафан. В южнорусских и украинских говорах «трафаниться» означало важничать, чваниться, ломаться. Человек, которого дразнили Трафаном, мог быть гордецом или, наоборот, кривлякой. Но есть и вторая, более конкретная версия: в тех же говорах «трафан» — местное название рыбы, разновидности бычка или мелкого окуня. Тогда прозвище досталось рыбаку или человеку с прозвищем по внешности (например, «глазастый, как бычок»).

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель XVI–XVII веков: Трафанов — сын Трафана. Фамилия могла закрепиться за крестьянином или посадским человеком, так как прозвищная основа редко встречается у дворянских родов.

Спорная версия — связь с греческим именем Трифон (в народном произношении Трафон, Трофим). Маловероятно, что Трафанов — искажённое Трифонов, так как в русской ономастике переход «и» в «а» в этом корне нехарактерен. Если бы фамилия вела род от Трифона, она сохранила бы форму Трифонов.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Курской, Воронежской, Ростовской областям, а также к Украине. Встречается в казачьих списках, но массовой не стала. Сегодня Трафановых — единицы на всю страну, что делает фамилию почти уникальной.