Фамилия Трахонетко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в Поднепровье, на Слобожанщине и в Запорожье. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», то есть Трахонетко — буквально «сын Трахона». Основа фамилии — личное имя или прозвище Трахон, которое само по себе заслуживает отдельного разбора.

Имя Трахон — редкое, некалендарное. Скорее всего, это народная, диалектная форма крестильного имени Трофим (греч. «кормилец», «питомец») или Тарасий (греч. «беспокоящий», «тревожащий»). В украинских говорах звук «ф» часто заменялся на «х» (как в фамилиях Хома вместо Фома, Хведор вместо Фёдор), а «р» могло переходить в «тр» под влиянием других слов. Есть и другая версия: Трахон могло быть прозвищем от глагола «трахонути» — в диалектах это слово означало «ударить», «грохнуть», иногда «быстро сделать». В таком случае прозвище мог получить человек резкий, порывистый или сильный.

Интересно, что фамилия Трахонетко сохранила в себе редкое сочетание звуков, которое не встречается в массовых русских фамилиях. В дореволюционных переписях носители этой фамилии встречаются преимущественно на территории современной Черкасской и Полтавской областей — это историческое ядро украинского казачества. Скорее всего, предки Трахонетко были казаками или крестьянами, получившими фамилию по отцу — Трахону. Сословного барьера фамилия на -енко не имела: её носили и реестровые казаки, и мещане, и духовенство, что говорит о демократичном происхождении.

В русском написании фамилия часто искажалась — можно встретить варианты Трахонитко, Трахонятко, а также с ударением на первый или последний слог. Правильный этимологический разбор указывает на ударение на суффикс: Трахонéтко, как и большинство украинских фамилий этого типа. Сегодня фамилия остаётся редкой, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска — круг потенциальных родственников узок, а географическая привязка к Украине довольно чёткая.