Фамилия Трофуненко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках массово вытесняла более древние патронимы. Суффикс -енко буквально означает «маленький» или «сын», так что Трофуненко — это «сын Трофуна». В основе лежит имя Трофун, которое представляет собой народную, разговорную форму канонического крестильного имени Трофим (от греческого «трофимос» — кормилец, питомец). В украинской среде имя Трофим часто редуцировалось: утрата конечного -им и замена на -ун — типичный процесс для южнорусских и украинских говоров. Сравните: Трофим → Трохун, Трофун, Трохим.

Сама по себе фамилия Трофуненко — не самая частая, что говорит о её локальном бытовании, вероятнее всего, в центральных или левобережных регионах Украины, где суффикс -енко стал фактически фамильным стандартом. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают у великорусского населения, Трофуненко — маркер украинского происхождения рода. Если предок носил это прозвище, он мог быть крестьянином или казаком, поскольку в среде украинской шляхты и мещан чаще встречались фамилии на -ский или -ич.

Интересно, что в письменных источниках могли фиксировать и другие варианты: Трофименко, Трохуненко. Форма Трофуненко — более редкая и архаичная, она сохранила именно ту ступень редукции имени, которая впоследствии почти исчезла из живого употребления. Поэтому фамилия — не просто указание на отца, а своеобразный лингвистический архив, запечатлевший, как звучало имя в конкретной местности несколько веков назад. Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом распространении Трофуненко нет — это рядовая, но оттого не менее ценная для своих носителей фамилия, типичная для украинского крестьянского и казачьего сословия.