Фамилия Труфакина — женская форма, мужская — Труфакин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Труфак, которое, скорее всего, восходит к диалектному слову «труф» или «труфа». В северных и сибирских говорах «труфой» называли крошку, мякиш, особенно хлебный, а также труху. Значение прозвища могло быть двояким: либо так дразнили очень мягкого, бесхарактерного человека, либо, наоборот, того, кто постоянно «крошится», суетится по мелочам. Вторая версия — через глагол «труфеть» (робеть, трусить) — тогда Труфаком могли прозвать робкого, несмелого человека.

Суффикс -ак типичен для русских прозвищ, часто с оттенком характерного признака (ср. Чудак, Глушак, Простак). Окончание -ин указывает на принадлежность: «сын Труфака» или «жена Труфака». Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, но сама основа — редкая.

Интересно, что фамилия Труфакин встречается в основном на Русском Севере (Архангельская, Вологодская области) и в Сибири, куда переселялись северяне. Это подтверждает диалектное происхождение — именно в тех краях слово «труфа» было в ходу. В центральных областях России фамилия почти не фиксируется.

С точки зрения словообразования, фамилия Труфакина стоит в одном ряду с Трухановым, Трушкиным, Трусовым — все они могут восходить к корням со значением «труха», «трус», но Труфакин выделяется редким суффиксом -ак, который в фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин. Это делает её более «архаичной» по модели — такие прозвищные фамилии чаще возникали в крестьянской среде до XVII века, когда прозвище ещё не успело превратиться в отчество.