Фамилия Труфакин — классический пример русского отчества на -ин, образованного от прозвища или неканонического имени Труфака. Эта модель типична для северных и центральных областей России, где суффикс -ин присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я. В основе лежит имя Трофим, которое в народной речи подверглось сильному фонетическому сжатию: Трофим → Троха → Труха → Труфан → Труфака. Цепочка сокращений характерна для бытового общения, где длинные греческие имена упрощали до двух-трёх слогов.

Исходное имя Трофим (от греческого «кормилец», «питомец») в православных святцах встречается нередко, но в крестьянской среде его переиначивали на свой лад. Форма Труфан зафиксирована в документах XVI–XVII веков, а от неё уже пошли уменьшительные Труфака и Труфаня. Соответственно, Труфакин буквально означает «сын Труфаки» или «потомок того, кого звали Труфакой». Суффикс -ин указывает на принадлежность, как в фамилиях Пушкин, Бородин или Ильин.

Есть и более редкая версия, связывающая фамилию с диалектным словом «труфак» — так в некоторых говорах называли трухлявый пень или рыхлую землю. Прозвище могли дать человеку медлительному, неповоротливому или, наоборот, тому, кто жил на болотистой почве. Однако эта гипотеза уступает основной по распространённости: подавляющее большинство носителей фамилии Труфакин сосредоточено в регионах, где имя Трофим было популярно, — в Вологодской, Архангельской и Костромской областях.

Исторически фамилия не была дворянской или купеческой, а бытовала в среде государственных крестьян и мещан. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Труфакины в Шенкурском и Тотемском уездах. Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде Труфокин или Труфанов, что говорит о её позднем оформлении — уже после закрепления норм письменности в XIX веке. Таким образом, Труфакин — фамилия, сохранившая в себе живую народную переделку церковного имени, и её носители с высокой вероятностью происходят из северорусского крестьянства.