Фамилия Труфкина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Труфкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Труфка. Основа здесь — краткая форма имени или прозвища, и с ней связана главная загадка фамилии.

Самое вероятное объяснение: Труфка — это разговорный вариант крестильного имени Трифон. В русских говорах имя Трифон нередко сокращали до Труха, Труша или Труфка. Переход «ф» вместо «х» — явление нередкое в диалектах, особенно на севере и в центральных областях. Имя Трифон греческого происхождения, означает «живущий в роскоши» или «нежный», но в народной среде оно давно утратило связь с первоначальным значением и воспринималось просто как привычное русское имя. Соответственно, Труфка — это ласкательное или обиходное именование Трифона, а Труфкины — его потомки.

Есть и альтернативная, но менее убедительная версия: от слова «труфка» — так в некоторых говорах называли трубку (например, курительную). В этом случае прозвище Труфка мог получить курильщик, мастер по изготовлению трубок или человек с характерной внешностью. Однако эта версия уступает первой, поскольку прозвища от названий бытовых предметов встречаются реже, чем от личных имён, а имя Трифон было широко распространено.

Суффикс -ин указывает, что фамилия закрепилась в среде, где на вопрос «чей ты?» отвечали по отцу: Труфкин — сын Труфки. Такая модель типична для северных и центральных губерний России, а также для части Поволжья. Фамилия Труфкина — это женская форма, и в документах она могла появиться раньше мужской, если запись делали на вдову или дочь. В целом фамилия редкая, недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская по происхождению — ничего не говорит о высоком сословии, но прямо ведёт к конкретному человеку, Трифону, которого в быту звали Труфкой.