Фамилия Труфкин образована от имени или прозвища Труфка, а то, в свою очередь, — от канонического имени Трифон. Уменьшительные формы вроде Труфан, Труха, Трушка и Труфка были в ходу у русских крестьян и посадских людей: имя Трифон было частым, особенно в северных и центральных губерниях, где почитали святого Трифона Печенгского или мученика Трифона Апамейского. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Труфкин, то есть сын или потомок Труфки.

Менее вероятная, но встречающаяся в любительских словарях версия связывает фамилию с диалектным глаголом «труфкать» (ворчать, брюзжать). Однако это объяснение слабее: прозвища от таких глаголов редки, а имя Трифон в народной речи давало множество вариаций — Труфан, Трухин, Труфанов, Трушкин, и Труфкин ложится в этот ряд естественно.

В документах XVII–XVIII веков фамилия Труфкин встречается в писцовых книгах Новгородской и Вологодской земель. Там Труфкины числятся среди крестьян и посадских, реже — среди однодворцев южных рубежей. География подсказывает, что предки носителя фамилии с высокой вероятностью жили на Русском Севере или в центральных нечернозёмных уездах.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия проста и прозрачна: основа (Труфк-) + патронимический суффикс (-ин). Это типичная русская фамилия «второго уровня» — не от полного имени, а от его бытовой, уличной формы. Такие фамилии часто несли в себе не столько официальное имя, сколько прозвищное, домашнее; в среде крестьянства они были обычны вплоть до XIX века, когда церковные имена уже закрепились, но в быту продолжали сокращаться на свой лад.

В современном русском языке фамилия Труфкин нередкая, но не массовая. Её носители живут преимущественно в Центральной России и Поволжье, хотя отдельные ветви разошлись по Уралу и Сибири.