Фамилия Труфин — один из примеров, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. Она образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Труфин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Труфа. Исходная форма здесь — не полное каноническое имя, а его разговорный, народный вариант.

Основа фамилии восходит к крестильному имени Трифон. В русской обиходной речи это имя часто редуцировалось: утрачивало звук «ф» в середине или меняло его, давая формы вроде Труфан, Труфон, а далее — Труфа. Именно от краткой формы Труфа (с характерным для северных и центральных говоров переходом «и» в «у» под влиянием аканья) и появился Труфин. Имя Трифон в переводе с греческого означает «живущий в роскоши» или «нежный», но в народной среде оно закрепилось как вполне обычное, без оттенка знатности.

Менее вероятная, но встречающаяся в ономастике версия — связь с прозвищем Труфа, которое могло возникнуть от диалектного глагола «труфить» (в некоторых говорах — «лениться», «бездельничать») или от звукоподражательного «труф» (подражание фырканью, храпу). Однако в словарях русских говоров этот глагол фиксируется редко и локально, поэтому церковное происхождение от Трифона остаётся основным и наиболее надёжным.

Фамилия Труфин встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье, что совпадает с ареалом бытования народных форм имени Трифон. В документах XVII–XVIII веков крестьяне и посадские люди с таким именем нередки, но фамилия в её современном виде оформилась позже, в XIX веке, когда потомки Труфы получили наследственное прозвание.

Таким образом, Труфин — типичная «полуотчество»: не от полного церковного имени, а от его живого, бытового варианта. Носитель этой фамилии может с высокой долей вероятности считать своим предком человека по имени Трифон, которого в деревне звали сокращённо — Труфа.