Фамилия Труфан — один из тех случаев, когда за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. Самая очевидная и распространённая версия ведёт к крестильному имени Трифон (от греческого «трифе» — нежность, роскошь). В народном произношении имя часто упрощалось: Труфан, Трухан, Труш. Фамилия, таким образом, могла возникнуть как прямая форма этого имени без дополнительного суффикса — так называемая «усечённая» фамилия, что встречается реже, чем патронимы на -ов или -ин.

Однако есть и другой, более редкий корень. В некоторых говорах «труфан» или «труфень» — прозвище ленивого, медлительного человека, тюфяка. Слово это, скорее всего, звукоподражательное или производное от «труха» (что-то рыхлое, неплотное). Если предок получил такое прозвище, то фамилия отражала черту характера, а не имя святого. Различить эти две версии по современной фамилии почти невозможно — нужно знать местные говоры и точное время её фиксации.

Географически фамилия Труфан тяготеет к юго-западу России и Украине. В старых писцовых книгах XVII века встречаются Труфаны в Черниговской и Полтавской губерниях, что указывает на возможное происхождение из белорусских или малороссийских земель. Там же форма имени Труфан была особенно распространена в крестьянской среде.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована бессуффиксальным способом от личного имени или прозвища. Это ставит её в один ряд с фамилиями типа Фёдор, Павел, Яков, но в отличие от них Труфан — не каноническая форма, а народная переделка, что делает фамилию ценной с точки зрения исторической фонетики. Она сохранила живое произношение, которое в официальных документах было заменено на церковное «Трифон».

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» форма Труфан упоминается как один из вариантов, возникших в результате редукции гласных и упрощения групп согласных в народной речи. Это не ошибка письма, а закономерный процесс, который шёл веками. Так что носитель фамилии Труфан, скорее всего, потомок человека, которого в быту звали не иначе как Труфан — либо по имени, либо по неспешному нраву.