Фамилия Трушакин — яркий пример того, как суффикс может рассказать о происхождении больше, чем корень. Здесь работает модель на -ин, которая в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность: «чей?» — Трушакин, то есть сын или потомок Трушаки. А сам Трушака — это не имя, а прозвище или уменьшительная форма от крестильного имени.

Основа фамилии — Труша. Это краткая форма от канонического имени Трифон (греч. «живущий в роскоши», «нежный»). В народной речи имя Трифон сокращалось до Труша, Труха, Труня, а затем обрастало суффиксами субъективной оценки. Так Труша превратился в Трушаку — человека, которого называли ласково или, наоборот, с оттенком фамильярности. Подобные формы (Трушака, Трушата) были распространены в северных и центральных говорах, где -ак- и -ака- активно использовались для образования прозвищ.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом трушить — «трясти, сыпать, крошить». В этом случае Трушака — прозвище суетливого, торопливого человека, который всё «трусит» и рассыпает. Однако ономастика склоняется к антропонимическому корню: фамилии на -акин, -аков (Трушакин, Трушаков) почти всегда восходят к личным именам или их производным, а не к нарицательной лексике.

Социально фамилия Трушакин — типичная крестьянская или посадская. Она не встречается в боярских родословных, но фиксируется в переписных книгах XVII–XVIII веков на Русском Севере, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там имя Трифон было популярно благодаря святому Трифону Печенгскому, почитаемому в этих краях. Позже фамилия распространилась на Урал и в Сибирь с переселенцами.

Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог — Труша́кин, хотя в некоторых говорах могли произносить Тру́шакин, что только подтверждает её разговорное, «уличное» происхождение. В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от полных форм (Трифонов), Трушакин несёт отпечаток домашней, неофициальной среды — так могли назвать не по документу, а по тому, как человека звали в семье или в деревне.