Фамилия Трушагина — женская форма фамилии Трушагин. В русской традиции такие фамилии образуются прибавлением суффикса -а к мужской основе, и это не меняет их происхождения: искать корни нужно в мужском варианте.

В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Трушага. Суффикс -аг(а) в русских прозвищах придавал слову экспрессивный, часто пренебрежительный или ласкательный оттенок (сравните: «растяпа», «бедолага», «миляга»). Само слово «трушага» в современном языке не встречается, но его можно связать с диалектным глаголом «трусить» — то есть двигаться мелкой рысцой, бежать трусцой. В некоторых говорах «труша» означало человека, который семенит, ходит быстро и мелкими шагами. Возможно, прозвище получил суетливый, торопливый человек или тот, кто, напротив, «трусил» в прямом смысле — работал с лошадьми, ездил рысью.

Менее вероятна, но допустима связь с украинским или белорусским «трусити» — бояться, пугаться. Тогда Трушага — это трус. Однако в русском языке для этого значения есть более привычное слово «трусиха» или «трус», а форма с суффиксом -аг(а) в таком значении нетипична. Поэтому версия с быстрой походкой или конной ездой выглядит правдоподобнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Трушагин — «сын Трушаги» или «из семьи Трушаги». Такие фамилии характерны для северных и центральных областей России, где активно использовалась притяжательная модель на -ин. Фамилия редкая, её географическое распространение невелико, что подтверждает её позднее закрепление и, скорее всего, крестьянское происхождение. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано.