Фамилия Трушакина образована от просторечной формы канонического имени Трифон — Трушак. Само имя Трифон восходит к древнегреческому слову tryphon, которое переводят как «нежный». Такое значение уходит корнями в античную традицию: в древнегреческих текстах это слово могло описывать и характер человека, и его манеры.

В христианской традиции имя прославил святой Трифон Апамейский. Согласно житию, он обратил ко Христу множество язычников, за что после жестоких мучений был обезглавлен. На Руси это имя было распространено достаточно широко, но в народной среде его часто переиначивали на свой лад, отсюда и появились уменьшительно-бытовые варианты вроде Трушак, Трушка, Труша.

Скорее всего, основатель рода Трушакиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. На это указывает сама модель фамилии: суффикс -ин присоединяли к основам на -а, и такая форма типична для простонародных прозвищ и обиходных имён. Фамилия строится по простой схеме: Трушак → Трушакин → Трушакина, то есть «дочь, жена или потомок Трушака».

Существует и другая версия, но она менее правдоподобна. Согласно ей, в основе фамилии лежит не имя, а прозвище, образованное от украинского слова «трушком», то есть «трусцой». В таком случае прозвище могло указывать на внешние особенности человека — например, на своеобразную, семенящую походку. Однако эта гипотеза разбивается о простое наблюдение: форма Трушак гораздо естественнее выводится из имени Трифон, чем из наречия, а фамилии от полных имен в русской традиции встречаются в разы чаще, чем от подобных прозвищ.

Интересно, что фамилия сохранила именно женскую форму Трушакина, которая в русской традиции закрепилась за женщинами, тогда как мужчины рода носили бы вариант Трушакин. Так что потомок человека по имени Трифон, чьё имя в быту звучало как Трушак, со временем и получил эту фамилию.