Мужское крестильное имя Трифон в переводе с греческого означает «нежный». В основу фамилии легла производная форма имени – Труханка. Этот вариант имени появился вследствие того, что графически греческая буква эпсилон могла передаваться и буквой «у», а звук «ф» был чужд славянским языкам и часто заменялся на «х». Скорее всего, основатель рода Труханкиных был представителем простого сословия. Согласно другой гипотезе, фамилия Труханкина происходит от прозвища Труханка, которое восходит к диалектному украинскому слову «трухан» - «индюк». Можно предположить, что Труханкой прозвали того, кто занимался разведением домашней птицы, либо важного, гордого (как индюк) человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Труханка, со временем получил фамилию Труханкин.