Фамилия Труханкин образована от личного имени или прозвища Труханка, и у этого корня два правдоподобных объяснения. Первое ведет к крестильному имени Трифон, которое в переводе с греческого означает «нежный». В народной среде это имя видоизменилось: греческая буква эпсилон на письме могла передаваться через «у», а звук «ф», чуждый славянской фонетике, часто заменялся на «х». Так Трифон превращался в Трухана, а ласкательная форма Труханка и легла в основу фамилии. Подобные фонетические замены — не редкость: тот же путь прошли, например, фамилии Труханов и Трухин, которые тоже восходят к вариантам имени Трифон.

Вторая гипотеза связывает прозвище Труханка с диалектным украинским словом «трухан», то есть «индюк». Если следовать этой версии, прозвище мог получить либо птицевод, занимавшийся разведением домашней птицы, либо человек с гордой, важной осанкой — в характере которого окружающие находили сходство с индюком. Такие прозвища по поведению или занятию были широко распространены, и они часто закреплялись за родом навсегда.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Труханкин буквально значит «сын Труханки», «из семьи Труханки». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Морфологически фамилия проста и прозрачна, что говорит о ее давнем бытовании в крестьянской или посадской среде, где фамилии складывались естественным путем, без книжной фиксации.

Какая из версий ближе к истине, сказать сложно. Имя Трифон было распространено на Руси, особенно после канонизации мученика Трифона, поэтому версия с крестильным именем выглядит несколько предпочтительнее: она объясняет и форму Труханка, и появление фамилии в разных регионах независимо от украинского диалекта. Однако прозвищная версия с индюком тоже имеет право на существование, особенно для южнорусских и украинских территорий, где слово «трухан» было в ходу. Возможно, в одних семьях фамилия пошла от имени, а в других — от прозвища, и сейчас эти линии уже не различить.

В любом случае, потомок человека по имени или прозвищу Труханка со временем получил фамилию Труханкин, и она закрепилась за его родом. Сегодня это редкая фамилия, и ее носители могут с равной вероятностью вести родословную как от «нежного» Трифона, так и от горделивого птицевода.