Фамилия Труханёнок звучит как нечто уменьшительное или молодое, и это ощущение не обманывает. Её выдает редкий для русских фамилий суффикс -ёнок, который в белорусской и украинской традиции обозначал потомка, ребёнка или ученика. В отличие от великорусских -ов/-ев, указывавших на принадлежность отцу, суффикс -ёнок (как и -ук, -чук) отвечал на вопрос «чей сын?» или «чей малый?». Таким образом, Труханёнок — это буквально «маленький Трухан» или «сын Трухана».

В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Трухан. Самое прямое объяснение — это вариант крестильного имени Трофим, которое в народной речи часто переделывали в Трухан (через формы Троха, Труха). Трофим с греческого означает «кормилец» или «питомец», но для фамилии важен не столько перевод, сколько то, что имя было распространено в крестьянской среде. Вторая версия, менее популярная, но не лишённая оснований, связывает Трухана с глаголом «трухнуть» или «трухать» — то есть идти мелкой рысью, семенить. Прозвище Трухан могли дать человеку с быстрой, семенящей походкой или, в переносном смысле, суетливому и хлопотливому.

Географически фамилия Труханёнок тяготеет к северо-западу — к Белоруссии и западным областям России (Смоленщина, Брянщина). Там модель образования фамилий с -ёнок была живой и продуктивной. В польском языке есть родственная фамилия Truchan с тем же корнем, что указывает на возможное влияние польской ономастики на белорусские земли.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Труханов — это типичная русская форма («чей Трухан?»), а Труханёнок — более поздняя, патронимическая, которая закрепилась уже как наследственное имя, а не отчество. Встречается также вариант Труханенко, где суффикс -енко — украинский аналог того же значения. Социально носители фамилии Труханёнок относились к крестьянам или мещанам: сложная суффиксация с -ёнок редко встречалась у дворянства, предпочитавшего формы на -ский или -ов.