Фамилия Труханова образована от прозвища Трухан, которое восходит к диалектному украинскому слову «трухан» — «индюк». Так могли прозвать человека тучного, либо важного и спесивого, гордого — прозвище указывало и на внешность, и на характер. В словаре С. Б. Веселовского упоминается Трухан, крестьянин, конец XV века, Новгород, — это самое раннее известное свидетельство бытования основы.

Словообразовательная модель проста: к основе Трухан добавили типичный русский суффикс -ов-, а затем женское окончание -а. Но здесь стоит обратить внимание на любопытную деталь. Мужская форма фамилии — Труханов — образована по стандартной притяжательной модели «сын Трухана». Женская форма Труханова не самостоятельное образование, а грамматическое отражение мужской: так в русской традиции фамилию жены или дочери приводили в соответствие с фамилией мужа или отца. Поэтому, говоря о происхождении, правильнее рассматривать мужской вариант, а Труханова — его неизбежное следствие.

География прозвища тоже показательна. Украинский диалектный корень и новгородская запись конца XV века не противоречат друг другу: в ту пору Новгород активно торговал с юго-западными землями, и диалектные слова проникали в северные говоры. Впрочем, возможна и вторая версия: в некоторых русских говорах «труханом» называли не индюка, а ленивого или медлительного человека. Тогда прозвище получило бы иное смысловое наполнение — не гордость, а нерасторопность. Обе трактовки правдоподобны, но первая, с индюком, подкреплена прямым словарным соответствием и встречается чаще.

Родственные фамилии — Труханов, Трухан, Трухановский — все они восходят к одному прозвищу. Потомок человека по прозвищу Трухан со временем получил фамилию Труханов, а его жена или дочь стала Трухановой. Так за крестьянином из новгородских земель XV века закрепилась память, которая через полтысячи лет звучит в фамилии его далеких потомков.