Фамилия Трухановский — редкий пример, где суффикс -ск- указывает не на польское или украинское происхождение, как можно было бы подумать, а на типично русскую модель образования от географического названия. В основе лежит не имя и не прозвище, а топоним — скорее всего, название населённого пункта Труханово или Трухановка. Таких сёл и деревень в России было немало, особенно в центральных и северных губерниях. Фамилии на -ский/-цкий в этой среде получали либо дворяне (по названию своего поместья), либо, что чаще, выходцы из духовенства — семинаристы, которым при поступлении в училище меняли бытовую фамилию на «благородную» по месту рождения или прихода.

Корень «Трухан-» восходит к нецерковному имени или прозвищу Трухан. В древнерусском языке «трухать» значило «трясти, трусить» (отсюда современное «труха» — мелкая труха от сена или древесины). Прозвище Трухан могли дать человеку суетливому, неспокойному или, наоборот, слабому, «трухлявому». Вторая версия — от слова «труха» в значении «ветошь, хлам», что тоже могло стать прозвищем нерадивого хозяина. Имя Трухан фиксируется в документах XV–XVII веков: в новгородских и московских писцовых книгах встречаются крестьяне и посадские люди с таким именем.

Географически фамилия Трухановский тяготеет к центральным областям России — Тверской, Ярославской, Московской. В этих краях и сейчас можно найти деревни с названием Труханово. Интересно, что в украинской и белорусской ономастике фамилия почти не встречается: там был бы распространён вариант Трухан (без суффикса) или Труханенко. Значит, перед нами именно русская фамилия, причём не крестьянская (крестьяне чаще получали фамилии на -ов/-ев), а скорее всего, семинарская или мещанская. Носитель фамилии Трухановский в XVIII–XIX веках с высокой вероятностью был либо сыном священника, получившим фамилию при обучении, либо выходцем из обедневших дворян, чей род владел деревней Труханово.