Фамилия Трухановская — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение: она образована от географического названия. Её основа — топоним Труханов или Труханово. Таких сёл, деревень и урочищ на карте бывшей Российской империи было несколько, особенно на западе и юге современной России, в Беларуси и на Украине. Человек, носивший прозвище «Трухановский», был либо выходцем из такого места, либо владел землёй в нём.

Суффикс «-ск-» в фамилии — типичный признак дворянского или шляхетского происхождения. В XVIII–XIX веках фамилии на «-ский» чаще всего закреплялись за помещиками, получившими именование по своему имению. Однако со временем эта модель распространилась и среди крестьян: при переписях им могли дать фамилию по названию родной деревни. Поэтому Трухановская могла принадлежать как мелкопоместному дворянину, так и крестьянину, записанному по месту жительства.

В основе самого топонима Труханов лежит, скорее всего, прозвище или некалендарное имя Трухан. В русских говорах «труха» — труха, перегной, но также и неповоротливый, вялый человек. В украинском и белорусском языках «трухан» могло означать «трус» или «дрожащий» (от «трухати» — трясти, дрожать). Есть и версия, что Трухан — это форма имени Трофим (Троха → Трухан), но она менее вероятна, так как уменьшительные формы обычно дают фамилии на «-ин» (Трофимов, Трухин), а не на «-ский».

Сравните с однокоренными фамилиями: Труханов, Трухановский, Трухин. Все они восходят к тому же корню «трух-», но различие в суффиксах указывает на разный социальный слой. Труханов — типичная «крестьянская» фамилия (суффикс «-ов»), а Трухановская — «дворянская» или «географическая». Если предки Трухановской были крепостными, то фамилию им могли дать по названию села, где жил помещик Трухановский.

Встречается фамилия преимущественно в западных регионах России, в Беларуси и на Украине. В Польше существует аналогичная фамилия Truchanowski, что подтверждает её западнорусские и польские корни. В XIX веке носители фамилии могли быть как православными, так и католиками, что указывает на пограничную зону бытования.