Фамилия Труханская — женская форма фамилии Труханский, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Трухан. Основа фамилии, скорее всего, восходит к диалектному слову «трухан» — так в некоторых русских говорах называли трусливого, робкого человека, того, кто «трухает», то есть боится, дрожит. Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе Трухан- добавили суффикс -ск-, указывающий на принадлежность к местности или роду, а затем окончание -ая для женского рода.

Суффикс -ск- в фамилиях этого типа чаще всего говорит о географическом происхождении. Труханскими могли называть выходцев из села или деревни с названием Труханово, Труханка или подобных. Такие топонимы встречаются в центральных и северных областях России, а также в Беларуси и на Украине. Возможно, предок носителя фамилии был дворянином, получившим фамилию по своему поместью, но чаще это указывает на крестьян, переселившихся из одного места и получивших прозвание по прежнему месту жительства.

Есть и вторая, менее распространённая версия: основа «Трухан» может быть производной от крестильного имени Трофим (в просторечии — Труха, Трухан). В этом случае фамилия не связана с характером, а просто означает «сын Трухана» или «принадлежащий Трухану». Однако в ономастике более убедительной считается первая версия — от прозвища, так как имя Трофим даёт устойчивые формы вроде Трофимов, Трохин, а Трухан чаще фиксируется именно как прозвищное имя.

Фамилия Труханская — сравнительно редкая. Встречается она в основном на западе России, в Брянской, Смоленской областях, а также в Беларуси. В польской ономастике есть аналогичная фамилия Truchański, что может указывать на общие корни в приграничных землях бывшей Речи Посполитой. Таким образом, носительница фамилии Труханская может быть потомком либо робкого человека, либо выходца из конкретного села Труханово, а в редких случаях — потомком Трофима, чьё имя со временем переделали в Трухана.