Фамилия Труханенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели: суффикс -енко изначально означал «сын такого-то» и закрепился в Поднепровье, на Левобережной Украине и в Запорожье. То есть Труханенко — это буквально «сын Трухана». Но вот откуда взялось само имя Трухан, — здесь исследователи расходятся.

Основная версия связывает Трухана с крестильным именем Трифон. В греческом оригинале имя звучало с буквой эпсилон, которая при передаче на славянскую почву могла давать «у», а звук «ф», чуждый славянской фонетике, часто заменялся на «х». Так Трифон превращался в Трухана. Само имя Трифон переводится с греческого как «нежный», и в православной традиции известно шесть святых покровителей этого имени. Следы этой модели видны в родственных фамилиях Труфанов, Трухин, Труханов — все они восходят к разговорным формам того же Трифона.

Есть и вторая гипотеза, более прозаичная. Она возводит Трухана к диалектному украинскому слову «трухан» — индюк. Прозвище могло прилипнуть к человеку тучному, важному или гордому, с повадками, напоминающими эту птицу. Такое объяснение не редкость для народных прозвищ, которые часто строятся на сравнении с животными и их поведением. Впрочем, эта версия выглядит менее убедительной: прозвища с «животной» семантикой встречаются, но имя Трухан фиксируется в древнерусских источниках уже в конце XV века — например, в актах упоминается новгородский крестьянин Трухан. Для той эпохи более естественно видеть в таком имени сокращенную форму канонического имени, чем бытовое прозвище.

Так что, скорее всего, Труханенко — это фамилия-«отчество», возникшая от народной формы крестильного имени Трифон. Носители фамилии — потомки человека, которого в быту звали Труханом, а его дети уже стали записываться как Труханенки.