Фамилия Труханенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Трифон. Фамилия Труханенко ведет свое начало от имени Трухан, которое является одной из форм крестильного мужского имени Трифон. Этот вариант имени появился вследствие того, что графически греческая буква эпсилон могла передаваться и буквой "у", а звук "ф" был чужд славянским языкам и часто заменялся на "х". Имя Трифон в переводе с греческого означает «нежный». Всего же в истории православия известно шесть святых покровителей этого имени. Согласно другой гипотезе, фамилия Труханенко происходит от прозвища Трухан, которое восходит к диалектному украинскому слову «трухан» - «индюк». Его мог получить тучный или важный, гордый человек. Соответственно, это прозвище могло указывать как на физические особенности, так и на характер человека. Веселовского упоминается новгородский крестьянин Трухан, конец XV в.