Фамилия Труханович образована по классической для восточнославянских земель модели: к основе Трухан добавили патронимический суффикс -ович, указывающий на отчество. Буквально это значит «сын Трухана». Такая форма характерна для украинской, белорусской и польской традиций, где суффикс -ович/-евич закрепился в XV–XVI веках и часто встречался у казацкой старшины, шляхты и зажиточных крестьян.

Спор о происхождении самой основы Трухан — давний. Первая версия связывает её с крестильным именем Трифон. В греческом оригинале имя звучало с буквой «ф», но славяне, для которых этот звук был чужд, часто заменяли его на «х». Так Трифон превращался в Трихан, а затем в Трухан. Дополнительную путаницу вносила графика: греческая буква эпсилон могла передаваться и через «у». Имя Трифон переводится с греческого как «нежный», а в православных святцах числится шесть святых покровителей этого имени, что делало его довольно распространённым.

Вторая гипотеза выводит прозвище Трухан из украинского диалектного слова «трухан» — индюк. Прозвища по птицам в славянской ономастике встречаются часто, и такое имя могли дать человеку тучному, важному или гордому, с повадками индюка. В этом случае фамилия указывала бы не на происхождение от отца, а на личную характеристику предка, которая закрепилась за ним в общине.

Обе версии имеют право на существование, но первая выглядит убедительнее. Дело в том, что в источниках встречаются следы реального имени Трухан, а не только прозвища. Так, С. Б. Веселовский в своих ономастических трудах упоминает новгородского крестьянина Трухана конца XV века. Это говорит о том, что имя бытовало как самостоятельная форма ещё до того, как закрепилось в фамилиях.

Интересно, что фамилия Труханович не одинока в своём семействе. От той же основы образованы более частотные русские фамилии Труханов, Трухин, Трухачёв. Наличие разных суффиксов показывает, как одна и та же основа расходилась по разным регионам: на севере и в центральной России закрепились формы на -ов и -ин, а на западе, в белорусских и украинских землях, — на -ович. Поэтому Трухановичи — это, скорее всего, потомки выходцев с запада, сохранившие в фамилии региональный словообразовательный колорит.