Фамилия Труханский — типичный пример фамилии, образованной от прозвища с помощью суффикса -ский. Этот суффикс в русской ономастике чаще всего указывал на принадлежность к месту или, реже, к роду деятельности. В основе фамилии лежит прозвище Трухан, которое могло возникнуть от глагола «трухать» — в некоторых говорах это означало «трясти, шатать, двигать с усилием». Человека с такой характеристикой могли прозвать за неуклюжую походку, за манеру суетиться или за работу, связанную с тряской (например, возчика на ухабистой дороге). Вторая, менее вероятная версия, связывает прозвище с диалектным словом «труха» (гниль, труха) — так могли назвать хиловатого или немощного человека, но эта гипотеза слабая, так как прозвища обычно давали за яркую, а не уничижительную черту.

По модели образования фамилия Труханский близка к патронимическим фамилиям на -ский, которые в XVI–XVII веках активно формировались у дворянства и духовенства. Однако в отличие от княжеских фамилий (вроде Трубецкой), Труханский, скорее всего, имеет более позднее происхождение — из крестьянской или мещанской среды. В белорусских и украинских землях суффикс -ский был особенно распространён, и фамилия могла возникнуть от названия деревни Труханы или Трухань, где жили её первые носители. Тогда прозвище Трухан превратилось бы в топоним, а от него уже образовалась фамилия. Географически фамилия встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её возможное западнорусское или малороссийское происхождение.

Интересная деталь: в некоторых документах XIX века фамилию могли записывать как Труханский или Труханской — разница в окончании не меняла сути, но указывала на региональные особенности произношения. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово присваивались крестьянам после отмены крепостного права, Труханский сохранила более редкую форму, что может говорить о более раннем закреплении фамилии за конкретным родом. Носители фамилии не были широко известны в истории, но сам факт её сохранения указывает на то, что предки, вероятно, были свободными крестьянами или мещанами, а не крепостными, — иначе фамилию могли бы унифицировать по более простой модели.