Фамилия Трухаткина — женская форма фамилии Трухаткин, и её разбор стоит начать с редкого суффикса. Модель «-аткин» встречается в русских фамилиях заметно реже, чем «-кин» или «-ов». В ономастике она обычно указывает на прозвище, образованное от глагольной основы с помощью суффикса «-ат(а)»: Трухат(а) — человек, которого прозвали за манеру поведения или внешность. Основа здесь — «трух-», родственная словам «труха», «трухлявый» (гнилой, рассыпающийся). В диалектах «труха» означала не только гниль и крошево, но и труху как сорную или рассыпчатую массу. Прозвище Трухатка могли дать человеку неопрятному, неряшливому, с виду ветхому, либо, наоборот, тому, кто занимался перетиркой, размолом, например, на мельнице.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: происхождение от имени Труха — краткой формы крестильного имени Трофим (в народном произношении Трухон, Труха). В таком случае Трухатка — уменьшительное от Труха, а фамилия Трухаткин — «сын Трухатки». Однако в пользу первого варианта говорит именно суффикс «-атка»: он типичен для прозвищ по действию или свойству, а не для ласкательных форм крестильных имён, которые чаще образуются через «-ка» (Трушка, Трухонька).

Фамилия Трухаткин и её женская форма Трухаткина географически тяготеют к центральным и южнорусским областям. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с такой фамилией в Тульской, Орловской и Рязанской губерниях. Сословно это почти всегда крестьянская или мещанская фамилия: дворянских родов Трухаткиных не зафиксировано.

Интересная деталь для сравнения: в русских говорах есть слово «трухать» — «бежать мелкой рысью, трусить». Если прозвище Трухатка связывать с этим глаголом, то оно могло относиться к человеку с торопливой, семенящей походкой. Но такая версия менее надёжна, так как корень «трух-» с этим значением встречается реже и в основном в западных говорах. Правдоподобнее всё же связь с «трухой» и «трухлявостью» — это и проще, и подтверждается большей частотностью таких прозвищ в ономастических записях.

Таким образом, Трухаткина — фамилия с прозрачной, хоть и не самой благозвучной основой, которая прямо указывает на прозвище предка: скорее всего, его дразнили Трухаткой за неопрятность или ветхость, либо за связь с трухой на мельнице.