Фамилия Трухтинский — одна из тех, чей корень оставляет пространство для споров, но при ближайшем рассмотрении проясняется довольно отчётливо. Ключевой элемент здесь — суффикс -ск- и окончание -ий, типичные для фамилий польского, украинского и белорусского происхождения, а также для русских дворянских и семинарских фамилий. В отличие от массовых «-ов» и «-ин», модель на -ский часто указывает на географическую привязку: носитель фамилии мог происходить из места с названием Трухтино, Трухта или Трухтин. Такие топонимы встречаются в западных регионах России, Беларуси и Украины, где фамилии на -ский особенно распространены.

Самая прямая версия — прозвищное происхождение от слова трухта. В южнорусских и украинских говорах так называли трусливого, нерешительного человека или, наоборот, того, кто суетится и мельтешит без толку. Слово родственно диалектному «трухать» — бояться, робеть. Прозвище Трухта давали человеку с заметной чертой характера, а его потомки, жившие в определённой местности (например, в деревне Трухтино), получали фамилию Трухтинские — «те, кто из Трухтина».

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с глаголом трухнуть — гнить, портиться, трухляветь. В этом случае прозвище могло относиться к человеку хилому, болезненному или к тому, кто жил в ветхом доме. Однако для фамилии на -ский такая бытовая характеристика менее типична: обычно подобные прозвища давали напрямую (Трухля, Трухтин), а суффикс -ский уже «привязывал» к месту.

Интересная деталь: фамилия Трухтинский встречается заметно реже, чем её «собрат» Трухин или Трухинский. Это говорит о том, что она могла возникнуть в узком локальном ареале — возможно, в среде казачества или мелкопоместного дворянства юга России, где фамилии на -ский нередко давали по названию хутора или слободы. В метрических книгах XIX века фамилия фиксируется преимущественно в Курской, Харьковской и Воронежской губерниях.

Если отбросить маловероятные экзотические версии (например, от тюркского «трух» — пыль, сор), то остаётся ясная картина: Трухтинский — фамилия географическая, образованная от прозвища Трухта или названия населённого пункта. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, жили в месте, где говорили «трухта» вместо «трус», или же их род пошёл из деревни с похожим именем.