Фамилия Трухтов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с ремеслом, но не с тем, которое сразу приходит на ум. Вопреки возможной ассоциации с «трухой» (мелким мусором или гнилью), корень здесь, скорее всего, глагольный — «трухтить» или «трухать», что в южнорусских и украинских говорах означало «тереть, крошить, толочь». Так могли прозвать человека, занятого монотонной работой по измельчению чего-либо: зерна на муку, табака, красок или даже руды.

Модель образования типична для русского ономастикона: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Трухта». Само же прозвище Трухт — это усечённая форма от прилагательного или существительного, образованного от того же глагола. Встречается и вариант Трухта, от которого фамилия звучала бы как Трухтин, но закрепилась именно форма с твёрдым окончанием. Это говорит о том, что основа была мужского рода и, вероятно, зафиксирована в документах как Трухт.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В курских, воронежских, ростовских говорах слово «трухта» означало ещё и «тряпка, ветошка», но в прозвищной традиции ремесленная версия надёжнее: прозвища от орудий или действий встречаются чаще, чем от бытовых предметов одежды. Если бы речь шла о тряпке, фамилия, скорее всего, оформилась бы через суффикс -ин (Трухтин).

Интересно, что фамилия Трухтов не попала в число массовых — она осталась локальной и редкой. Это значит, что родоначальник, скорее всего, не был крестьянином в обычном смысле, а принадлежал к ремесленному или посадскому сословию: мельник, толчельщик, красильщик или работник на крупорушке. В XIX веке такие фамилии нередко давали по занятию, которое передавалось в семье, и Трухтовы могли быть известны в своём селе как мастера по переработке зерна или иного сырья.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямая статья о Трухтове отсутствует, но по аналогии с фамилиями Толоконников, Дроботов, Кротов — все они образованы от глаголов со значением «дробить, тереть, крошить» — можно уверенно отнести Трухтова к тому же словообразовательному гнезду. Это не дворянская и не духовная фамилия, а чисто народная, профессиональная, без намёка на иноязычное происхождение.