Фамилия Трухин образована по простой и понятной модели: к основе Труха добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, который отвечает на вопрос «чей?». То есть Трухин буквально означает «сын Трухи», «ребёнок Трухи». Такая схема характерна для огромного пласта русских фамилий, возникших из кратких разговорных форм крестильных имён или прозвищ.

Спор о происхождении самой основы Труха идёт между двумя версиями. Первая связывает её с каноническим именем Трифон. Само имя пришло из древнегреческого, где tryphon значит «нежный». В народной среде полное имя часто сокращали, и наряду с привычными Тришей или Трошей бытовала и форма Труха. Если следовать этой логике, то предок носителя фамилии был крещён Трифоном, а в быту его звали Трухой.

Вторая версия отталкивается от нарицательного слова «труха». В старых говорах так называли перетёртую мелочь, избитые остатки сена, перепревшую труху. Прозвище Труха могли дать человеку за невзрачный вид, слабое здоровье или, наоборот, с иронией — за суетливость и хлопотливость, ведь труха сыплется и рассыпается. Эта гипотеза выглядит вполне жизнеспособной, но менее вероятной, чем имя, поскольку прозвища с негативным оттенком в основе фамилий встречаются реже, чем производные от имён.

Историк Степан Веселовский в своих трудах по ономастике приводит ранние упоминания, которые проливают свет на географию фамилии. Он фиксирует Труху, крестьянина 1540 года, и Караула Ивановича Трухина 1603 года, и оба случая относятся к Новгороду. Это говорит о том, что фамилия или прозвище уже в XVI–XVII веках бытовали на севере Руси, в новгородских землях, откуда впоследствии распространились дальше. Показательно и имя Караул — яркий пример некалендарного имени, которое в ту эпоху соседствовало с христианскими.

Так что перед нами типичная «патронимическая» фамилия, за которой стоит либо крестильное имя Трифон в его просторечной форме, либо меткое прозвище. В любом случае, фамилия Трухин старая, и её корни уходят в толщу русской народной речи, где имя и прозвище часто переплетались.