Фамилия Трутутушкина — редкий пример того, как звукоподражательное прозвище стало наследственным именем. Её основа, «трутуту», имитирует либо ритмичный стук (например, колёс поезда, дятла, работающего механизма), либо музыкальный мотив — вроде напева «тру-ту-ту». В русской традиции такие прозвища давали людям, которые что-то напевали себе под нос, издавали характерные звуки при работе или, возможно, играли на простых духовых инструментах вроде рожка или свирели.

Суффикс «-шкин» указывает на принадлежность: Трутутушкин — буквально «сын Трутутушки», то есть человека, которого за характерную манеру звали Трутутушка. Модель образования с уменьшительно-ласкательным суффиксом «-ушк-» (как в фамилиях Дядушкин, Бабушкин) придаёт прозвищу неофициальный, бытовой оттенок. Скорее всего, прозвище закрепилось в среде крестьян или ремесленников, где внешние особенности или привычки легко становились семейным именем.

География фамилии не прослеживается в массовых переписях — это единичный случай, скорее всего, возникший в одной локальной группе. В отличие от фамилий, образованных от профессий (Кузнецов) или имён (Иванов), Трутутушкина стоит в ряду редких прозвищных фамилий, которые фиксируют живую, почти игровую сторону народного словообразования.

Ошибочно искать в этой фамилии тюркские или финно-угорские корни: звуковой комплекс «трутуту» нехарактерен для них и явно русского, звукоподражательного происхождения. Споров среди этимологов нет — фамилия прозрачна, хотя и уникальна по частоте. Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в деревне помнили как весельчака, музыканта или просто человека с заметной речевой или звуковой привычкой.