Фамилия Цегендер — редкая и, скорее всего, нерусская по происхождению, хотя и оформленная по законам русской грамматики. Её основа и суффикс указывают на западное, вероятнее всего, немецкое или еврейское (ашкеназское) корни.

Разбираем словообразовательную модель. В русском языке фамилии на -ер часто указывают на профессию или род занятий (например, Мельникер, Шапиро — из иврита, но с иным суффиксом). В немецком же суффикс -er — один из самых распространённых для обозначения деятеля: например, Bäcker (пекарь), Fischer (рыбак). Основа «Цеген» (Zegen) может восходить к нескольким вариантам. Первый — к немецкому слову «Segen» (благословение, благодать), но с характерной для некоторых диалектов заменой начального S на Z. Второй — к фамилии Zegen или Zögen, которая, в свою очередь, могла быть топонимической: от названия места, например, Цеген (Zegen) в Восточной Пруссии или одноимённых хуторов. Третий, менее вероятный, — от глагола «ziehen» (тянуть, тащить) в форме прошедшего времени или диалектного варианта, но это спорно.

Таким образом, фамилия Цегендер означает «тот, кто из Цегена» или «человек, связанный с благословением» (например, церковный служитель, если верна первая версия). В русском контексте она появилась, скорее всего, в XVIII–XIX веках вместе с переселением немецких колонистов или еврейских ремесленников в Российскую империю. Суффикс -ов/-ев или -ин в ней не добавлялся, так как фамилия уже имела чёткое окончание -ер, которое в русском языке воспринималось как мужское и не склонялось по падежам как типичная русская фамилия (Цегендер — Цегендеру, а не Цегендерову).

Географически фамилия могла закрепиться в Поволжье, Причерноморье или в западных губерниях, где были немецкие колонии и еврейские местечки. Встречается она крайне редко, поэтому точных данных о сословной принадлежности предков нет — это могли быть и ремесленники, и торговцы, и сельские жители. Спорных версий немного, и самая правдоподобная — топонимическая: предок носителя фамилии происходил из населённого пункта Цеген.