Фамилия Цигендер — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Корень фамилии — немецкий, что сразу же задаёт направление поиска. В основе лежит немецкое слово Ziege («коза») или Ziegen («коз»). Вторая часть, «-дер», скорее всего, является искажённым или русифицированным окончанием, которое в оригинале могло звучать как -er (указывающее на профессию или принадлежность). Таким образом, исходная немецкая фамилия могла быть Ziegener или Ziegender.

Если отталкиваться от Ziegener, то это классическая профессиональная фамилия: Ziegener — «козопас» или «тот, кто разводит коз». В немецких землях такие фамилии давали крестьянам, чьим основным занятием был выпас и содержание коз. Менее вероятная, но возможная версия — связь с фамилией Ziegler («кирпичник»), но она фонетически дальше.

На территорию Российской империи фамилия попала, скорее всего, с немецкими колонистами, которых приглашали в XVIII–XIX веках осваивать Поволжье, Новороссию и Причерноморье. Именно в этих регионах фиксируются редкие немецкие фамилии, которые при переписи населения или в бытовом общении с русскоязычными чиновниками получали необычное написание. «Цигендер» вместо «Цигенер» — типичный пример такого фонетического сдвига, когда окончание -ер превратилось в -дер под влиянием местного произношения.

Словообразовательная модель проста: основа (немецкое прозвище или название профессии) + русский суффикс нулевой (фамилия склоняется как существительное мужского рода). В русском языке фамилия не имеет дополнительных суффиксов, указывающих на сословие или географию, — она сохранила исходный немецкий вид, лишь слегка адаптировавшись графически.

По сути, фамилия Цигендер — это прямой ответ на вопрос «кем был предок?». Он был козопасом или мелким скотоводом. В отличие от многих русских фамилий, где основа затемнена, здесь связь с занятием прозрачна, если знать немецкий корень. Фамилия недвусмысленно указывает на низовое крестьянское происхождение и на конкретную этническую группу — немецких колонистов, что делает её историю более конкретной и менее загадочной, чем у большинства редких фамилий.