Фамилия Цекатунова — женская форма фамилии Цекатунов. Её основа, скорее всего, связана с диалектным глаголом «цекать». В южнорусских и украинских говорах «цекать» означало «цокать», то есть произносить звук «ц» вместо «ч» или наоборот. Человека с такой особенностью речи могли прозвать Цекатун или Цекотун. Таким образом, фамилия образована от прозвища, данного по характерному говору: цоканье было свойственно многим русским диалектам, особенно новгородским, псковским и рязанским.

Суффикс -ун в основе Цекатун указывает на деятеля: так называли того, кто постоянно или ярко проявлял названное действие. Модель «глагол + -ун» типична для русских прозвищ (ср. Болтун, Молчун, Ворчун). Затем к основе Цекатун добавился патронимический суффикс -ов, означающий принадлежность: Цекатунов — сын Цекатуна. Женская форма Цекатунова появилась как указание на жену или дочь Цекатунова.

Менее вероятна связь с тюркским словом «цек» (чек, граница) или с названием ремесла. В документах фамилия встречается редко и имеет выраженную региональную привязку: наибольшее число носителей зафиксировано в Волгоградской и Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает южнорусское происхождение основы, связанное с диалектным цоканьем.

Словообразовательная модель Цекатунова — классический пример русской фамилии, возникшей из прозвища по речевой особенности. Такие фамилии не указывают на сословие или профессию, но сохраняют живую черту бытовой речи, которая могла отличать целую местность.