Фамилия Цепордеи — редкая и, скорее всего, имеет искусственное, семинарское происхождение. Её основательнее всего разбирать через призму духовного сословия, где в XVIII–XIX веках было принято образовывать фамилии от латинских и греческих слов, переделывая их на русский лад. В данном случае основа угадывается в латинском «tempus» — время. Вариант «Цепордеи» мог возникнуть из «Tempus ordine» (время в порядке) или как калька с греческого «хронос» — время. Суффикс -ей в русских фамилиях встречается редко и характерен именно для «учёных» фамилий выпускников семинарий, которые заканчивались на латинский манер.

Вторая, менее правдоподобная версия, указывает на молдавское или румынское влияние. В этих языках есть фамилия Цепордей (Țepordei), которая может быть связана со словом «цепоае» (țeapă) — кол, или с прозвищем человека, занимавшегося изготовлением кольев. Однако написание через «и» на конце (Цепордеи) типично для русской грамматики при адаптации иностранной фамилии во множественном числе (как Цепордеи — они, семья). Если бы фамилия была исконно русской по модели, она звучала бы как Цепордеев.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным губерниям Российской империи, особенно к Подольской и Бессарабской, где было сильно влияние униатского и православного духовенства, а также румынского языка. Таким образом, предок носителя фамилии с высокой вероятностью был либо семинаристом, получившим «кабинетную» фамилию по понятию «время», либо выходцем из молдавских земель, чью фамилию русифицировали в документах. Точное значение сейчас установить трудно, но оба пути ведут к людям грамотным или служилым, а не к крестьянству.