Фамилия Цилли — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти не встречается в старых переписных книгах и не образуется по типичным славянским моделям. Скорее всего, перед нами фамилия немецкого или еврейского происхождения, записанная в русской транскрипции.

В немецкой среде фамилия Cilli (или Zilli) могла возникнуть как топонимическая — от названия города Цилли (ныне Целе в Словении). В эпоху Австро-Венгрии этот город был известным центром, и выходцы оттуда получали прозвание по месту жительства. Такая модель характерна для немецких фамилий на -i: они указывают на «человека из...». Другая версия связывает основу с личным именем Цилли — уменьшительной формой от Цецилии (Cäcilie) или от мужского имени Сильвестр через диалектные варианты.

В русском контексте фамилия Цилли могла закрепиться у потомков немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Встречается она и у еврейских семей, где нередко является адаптацией идишского прозвища или сокращением от более длинной фамилии. Суффикс -и в русской записи нехарактерен для исконных славянских фамилий: он выдает иностранное происхождение, где окончание сохранило форму исходного языка.

Учитывая редкость фамилии, её носители в России, скорее всего, принадлежат к нескольким ветвям, не связанным общим предком. Географически фамилия разбросана — встретить её можно в крупных городах и в регионах бывших немецких колоний (Поволжье, Причерноморье). По сословной принадлежности предки могли быть ремесленниками, аптекарями, управляющими имениями — типичные занятия для немецких переселенцев.

Словообразовательный разбор здесь не работает привычным способом: у фамилии нет славянского корня, суффикса принадлежности или окончания, указывающего на родство. Это прямое заимствование, которое не склонялось по падежам в исходной среде и сохранило эту особенность в русском языке. Поэтому фамилия Цилли — не столько история прозвища или профессии, сколько метка географического или семейного корня, уходящего за пределы восточнославянских земель.