Фамилия Ципотан — редкая и с трудом поддающаяся однозначной этимологии. Её структура нехарактерна для славянских фамилий, что сразу указывает на иноязычное происхождение. Наиболее вероятная версия связывает её с молдавским или румынским языком, где слово «țipoi» (читается примерно как «ципой») означает «кувшин» или «глиняный сосуд». Суффикс «-ан» в румынском и молдавском часто указывает на принадлежность или характерный признак, а конечное «т» могло закрепиться в русской записи как результат адаптации. Таким образом, Ципотан могло быть прозвищем гончара, торговца посудой или человека с заметной внешней чертой, напоминающей кувшин (например, полного телосложения).

Менее убедительной выглядит версия о связи с украинским или польским «ципати» (хватать, щипать) — в таком случае фамилия должна была бы иметь суффиксы -енко, -ук или -ский, а не столь специфическое окончание. Версия о происхождении от тюркского корня, означающего «птенец» (ср. турецкое «civciv»), маловероятна из-за значительного фонетического расхождения.

Географически фамилия Ципотан тяготеет к юго-западу России и, возможно, к Молдове. Встречается она крайне редко, в основном в единичных записях, что говорит о локальном бытовании. Скорее всего, предок носителя этой фамилии был ремесленником, связанным с гончарным делом, и прозвище закрепилось за ним в сельской общине, где подобные «говорящие» имена были нормой. Позже, при переходе к наследственной фамилии, прозвище Ципотан (или Ципой) оформилось с помощью характерного для румынского ареала суффикса.