Фамилия Циценайте — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -айте — верный признак литовского происхождения. В литовском языке суффикс -aitė (женский род) образует фамилии по отцу, указывая на дочь мужчины с определённой фамилией. Мужской аналог — -aitis. То есть Циценайте буквально означает «дочь Циценаса» или «дочь Цицянаса». Это указывает, что предок носительницы фамилии был литовцем, а сама фамилия — женская форма, не склоняемая в русском языке.

Основа Цицен- скорее всего восходит к литовскому слову cici, cicė — «цыплёнок» или «птенец», либо к уменьшительно-ласкательному обращению к кому-то маленькому. В литовских прозвищах и фамилиях нередки «птичьи» корни: Cicevičius, Ciciulis. Возможна и версия от личного имени Цицас — сокращённой формы от, например, Циприонас (Киприан), но это менее вероятно, так как имя Цицас в Литве фиксируется редко. Прозвище «Цыплёнок» могли дать человеку невысокого роста, суетливому или с лёгким характером.

Географически фамилия Циценайте почти наверняка уходит корнями в северо-запад Литвы, в исторический регион Жемайтия или Аукштайтия. Там суффикс -aitis/-aitė особенно распространён. В России эта фамилия встречается единично — в основном в Калининградской области и крупных городах, куда переезжали литовцы. В советское время, после присоединения Прибалтики, такие фамилии могли записывать в паспорта в русской транскрипции, сохранив литовское окончание.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает прояснить картину. В Литве есть фамилии Циценас, Циценявичюс, Цицас — все они образованы от той же основы. В польской и белорусской записи встречаются варианты Циценко, Циценовский, но это уже адаптации под славянские суффиксы. Циценайте — чистая литовская форма, не затронутая русификацией, что делает её особенно ценной для генеалогии: она прямо указывает на национальность предка.

Социальный контекст: в XIX — начале XX века литовские крестьяне часто получали фамилии по прозвищам, а не по наследственным именам. Циценайте — типичная крестьянская фамилия, без дворянских или шляхетских суффиксов (-ский, -ич). Носительница такой фамилии, скорее всего, происходит из семьи земледельцев или ремесленников. В современной России эта фамилия — редкая и запоминающаяся, её обладательницы могут проследить род до конкретного мужчины по имени Циценас, жившего, вероятно, в конце XVIII — начале XIX века.