Фамилия Цкалобян — почти наверняка армянская, и её происхождение стоит искать не в славянской, а в армянской ономастике. Формант -ян (в староармянском -янц) — это типичный армянский патронимический суффикс, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». По этой модели образовано подавляющее большинство армянских фамилий.

Основа «Цкалоб» неочевидна для русского уха, но в армянском языке она прозрачна. Слово «цкал» (ձկալ) означает «рыбак» или, в более широком смысле, «рыболов». Суффикс -об- (или -ов-) в данном случае не является русским окончанием, а входит в состав армянской основы, вероятно, как часть сложного слова или диалектного варианта. Таким образом, Цкалобян — это «потомок рыбака» или «из рода рыбаков». Фамилия указывает на занятие предка: он мог быть рыбаком на озере Севан, на реках Аракс или Кура, либо жил в рыбацком поселении.

Географически фамилия Цкалобян наиболее распространена в Армении и в армянских диаспорах, особенно в регионах, связанных с рыболовством. Встречаются также варианты написания — Цкаловян или Цкалян, но форма с -об- сохраняет более архаичную или диалектную черту. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (Цкалобян пришёл), и склоняется, если речь о женщине (Цкалобян пришла), хотя в бытовой речи часто оставляют без изменений.

Сравнение с однокоренными фамилиями, например, с Цкалян или Цкалов, показывает, что корень «цкал» устойчив и не имеет отношения к тюркским или персидским заимствованиям — это чисто армянская лексема. Фамилия недвусмысленно говорит о социальном статусе: предки были не знатными землевладельцами, а людьми промысла, жившими у воды. Никакой иной версии, кроме «рыбацкой», у этой фамилии нет — альтернативные толкования (от личного имени или топонима) не подтверждаются ни словарями, ни ареалом бытования.