Фамилия Цотов — редкий случай, где суффикс -ов присоединён к основе, заканчивающейся на -ц, что само по себе уже нестандартно для русской модели. Обычно в таких случаях происходит чередование (Ц — Ч), и мы получаем Цочов или Цочев, но здесь сохранена твёрдая основа. Это первая зацепка: фамилия могла возникнуть не в центральной России, а на периферии, где правила словообразования соблюдались менее строго, или же в среде, где носители языка не были великороссами.

Вероятнее всего, в основе лежит прозвище Цот. Его происхождение можно искать в диалектных глаголах «цокать» или «цотать» — то есть издавать цокающие звуки, говорить с характерным прищёлкиванием. Такое прозвище могли дать человеку с дефектом речи, либо, наоборот, тому, кто выделялся манерой говорить. В южнорусских и украинских говорах «цот» могло быть звукоподражательным междометием, которым подгоняли лошадей — в таком случае прозвище мог получить конюх или возница.

Вторая, менее очевидная версия — связь с тюркскими языками. В осетинском, например, есть слово «цот» — «сила», «мощь». Для фамилий кавказского региона это было бы естественно, но у русских Цотовых такая этимология маловероятна, если только предки не имели прямых контактов с горцами.

География фамилии подсказывает, что Цотовы — не случайные одиночки. Носители встречаются в Краснодарском крае, Ростовской области и на юге Украины. Это регионы, где смешивались русские, украинские и казачьи говоры, где «цоканье» было нормой, а не дефектом. Там же нередко встречаются фамилии Цоков, Цокало, Цоцко — все из того же гнезда.

Суффикс -ов указывает на то, что предок носителя фамилии был, скорее всего, человеком незнатного происхождения — крестьянином или казаком. В дворянской среде такие корни почти не фиксируются. Таким образом, Цотов — это фамилия-прозвище, возникшая в южнорусской или украинской языковой среде, где её и стоит искать в первую очередь.