Фамилия Цубылкин — редкая, но прозрачная по устройству. Она принадлежит к типичной русской модели на -ин, то есть образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. В данном случае исходная форма — Цубылка.

Что могло означать это прозвище? Самый прямой путь — через диалектное слово «цубылка». В южнорусских и украинских говорах так называли большую бутыль, кубышку, иногда — пузатый сосуд. Прозвище Цубылка могли дать человеку невысокому, плотному, с округлой фигурой — по внешнему сходству. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: «цуб» или «цуба» в некоторых говорах — это затычка, пробка, а также нечто торчащее, взъерошенное. Тогда прозвище могло относиться к человеку с непослушными волосами или неопрятному.

Морфология фамилии проста: корень цуб- (с чередованием в диалектах), суффикс -ылк- (уменьшительно-пренебрежительный, как в «копыл», «мотылёк»), окончание -а в прозвище и родовой суффикс -ин в фамилии. Такая словообразовательная цепочка типична для прозвищ, а не для крестильных имён: Цубылкин — не от календарного святого, а от бытовой характеристики.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены южнорусские говоры: Курская, Воронежская, Ростовская области, а также восток Украины. В переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия не встречается, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в среде крестьян или однодворцев, где прозвища закреплялись в документах только после ревизий.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Цуба, Цубов, Цубин — показывает, что Цубылкин стоит особняком: двойной суффикс (-ылк- + -ин) встречается редко, чаще используют простой -ов или -ин. Это делает фамилию не только редкой, но и морфологически интересной: она сохранила уменьшительную форму прозвища, которое в быту уже могло исчезнуть.