Фамилия Цындыжапова — редкий пример того, как типичная русская модель фамилии (суффикс -ов/-ев) накладывается на нерусскую основу, причём основу, уходящую в буддийскую культуру. Подавляющее большинство носителей этой фамилии — буряты, и именно в Бурятии, а также среди бурятской диаспоры, она и бытует. Поэтому искать её корни нужно не в славянских именах или прозвищах, а в бурятском и тибетском наследии.

Основа фамилии — мужское имя Цындыжап (встречается также вариант Цыдынжап). Оно составное и восходит к двум тибетским словам, которые через буддийскую традицию вошли в бурятский именослов. Первая часть, «цынды» (или «цэндэ»), означает «чистый», «святой» или «совершенный» — это эпитет, часто связанный с буддийскими понятиями. Вторая часть, «жап», переводится как «защита» или «покровительство». Таким образом, всё имя можно понять как «святая защита» или «чистое покровительство» — типичное для бурятского буддизма имя-пожелание, даваемое, чтобы оградить ребёнка от зла и несчастий.

Суффикс -ова указывает на принадлежность: Цындыжапова — это дочь или жена Цындыжапа. В русской традиции фамилии с таким суффиксом обычно образовывались от имён или прозвищ отца. Здесь мы видим ту же модель, но с бурятским именем в основе. Интересно, что в бурятской среде фамилии нередко фиксировались в женской форме (с окончанием -а) даже для мужчин, если документы оформлялись на женщину, но в современном употреблении Цындыжапов — мужской вариант, а Цындыжапова — женский.

С точки зрения социальной истории, фамилия Цындыжапова — поздняя. У бурят массовое закрепление фамилий произошло после присоединения Забайкалья к Российской империи, в XVIII–XIX веках, когда потребовалось вести метрические книги и переписи. Имя Цындыжап давали не по сословному принципу: его могли носить и простые скотоводы, и ламы, и представители бурятской знати. Поэтому предки носителей фамилии могли быть кем угодно — от кочевника-арата до буддийского священника, но их объединяет одно: имя-оберег, которое родители выбрали для сына, веря в его защитную силу.