Фамилия Цыпаченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которые в XVII–XVIII веках массово формировались в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький» или «сын» (как в польском -енко или украинском -енко), то есть Цыпаченко — это буквально «сын Цыпака» или «потомок Цыпы». Со временем патронимическая приставка превратилась в застывшую фамилию, уже не указывавшую на прямое родство, а закрепившуюся за целым родом.

Основа фамилии — прозвище Цыпа или Цыпак. В украинских и южнорусских говорах «цыпа» — это цыплёнок, а ещё чаще так подзывают кур: «цып-цып». Прозвище могли дать человеку маленького роста, суетливому, вертлявому или, наоборот, тому, кто разводил птицу. Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «цыпа» означало «губа» или «рот» — тогда прозвище могло относиться к обладателю пухлых губ или к говорливому человеку. Правдоподобнее всё же первое, птичье значение — оно шире распространено и естественнее для бытовой ономастики.

Фамилия Цыпаченко — не из частых. Её географическая привязка — преимущественно центральные и восточные регионы Украины: Черкасская, Полтавская, Харьковская области. В России она встречается редко, в основном в областях, граничащих с Украиной, или среди потомков переселенцев. Варианты написания в старых документах могли колебаться: Цыпаченко, Ципаченко, Цыпаченков (под влиянием русской модели на -ов), но форма на -енко осталась основной.

С социальной точки зрения, Цыпаченко — фамилия непривилегированного сословия. Её носители в XIX веке числились в основном среди государственных крестьян или казаков. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение. Родственные фамилии: Цыпа, Цыпкин, Цыпленков, а также украинские Цыпко, Ципун — все они образованы от той же звукоподражательной основы и указывают на схожий круг прозвищ.