Фамилия Цыпильников — редкий пример отыменного образования с усложнённой суффиксальной цепочкой, которая сразу выдаёт нетипичную модель. Если большинство фамилий на -ов/-ев образованы напрямую от прозвища или имени (Цыпилёв, Цыпин), то здесь мы видим двойной суффикс: -ник- и -ов-. Это значит, что в основе лежало не прозвище Цыпильник, а более раннее слово «цыпильник» — так в южнорусских говорах называли человека, который цыпит, то есть цедит, процеживает жидкость. Родственные слова — «цедить», «цедилка», «цедильник». В некоторых диалектах «цыпильник» могло означать сито или холщовый мешочек для процеживания молока, а затем перешло на человека, который этим занимался: сыродела, молочника или просто хозяйственного мужика, отвечавшего за чистоту питья.

Словообразовательный разбор подтверждает, что фамилия прошла два этапа. Сначала от глагола «цыпить» (цедить) суффиксом -ник появилось прозвище Цыпильник — «тот, кто цедит». Затем на базе этого прозвища по стандартной модели образовалась фамилия Цыпильников. Второй суффикс -ов- здесь не несёт смысловой нагрузки, а только оформляет фамилию по патронимическому типу, как у большинства русских фамилий. Интересно, что написание с буквой «ы» вместо «и» (Цыпильник, а не Цепильник) — это диалектная черта, характерная для рязанских, тамбовских и воронежских говоров, где «и» после «ц» звучала твёрдо.

Географически фамилия действительно тяготеет к югу России, особенно к Курской и Воронежской областям, а также встречается на Украине в русифицированной форме. В дореволюционных переписях Цыпильниковы фиксировались в основном как крестьяне и мещане, и это логично: ремесло цедильщика было бытовым, не требующим особого статуса. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Цыпильник не получило широкого распространения — его вытеснили более понятные «Цедилкин» или «Цедильников», а также фамилии от названий профессий (Сыроделов, Молочников). Поэтому Цыпильников — скорее локальный вариант, сохранившийся в узком кругу семей.

Если сопоставить с однокоренными фамилиями, то видна разница в суффиксальной модели. Цыпин — прямо от краткого прозвища Цыпа (цыплёнок, либо от «цыпать» — щипать), Цыпилёв — от прозвища Цыпиль (человек с цедильным приспособлением), а Цыпильников — самый развёрнутый вариант, указывающий на занятие, а не на внешность. Никаких дворянских корней или гербов у этой фамилии нет — она чисто народная, ремесленная, и её история укладывается в одну фразу: предок носил прозвище по делу, которое делал каждый день.