Фамилия Цыпушкина — женская форма, а мужская, Цыпушкин, образована по самой частотной русской модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, который присоединялся к основам на -а, -я. Основа здесь — Цыпушк(а). Это уменьшительно-ласкательное образование от слова «цыпа», «цыпка» — так в народе называли цыплёнка. Суффикс -ушк- вносит оттенок ласкательности, нежности: «цыпушка» — маленький, любимый цыплёнок.

Вероятнее всего, прозвище Цыпушка давали человеку невысокого роста, щуплому, с мягким характером или, напротив, суетливому — по ассоциации с поведением цыплёнка. В русских говорах слово «цыпа» могло означать не только птенца, но и ласковое обращение к ребёнку или женщине. Поэтому фамилия могла закрепиться за сыном или внуком человека, которого в семье или деревне звали Цыпушкой — ласково, а не обидно.

Интересно, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще носили крестьяне и помещики, фамилии на -ин широко бытовали в разных сословиях — от крестьян до духовенства. Цыпушкины могли быть жителями центральной России, Поволжья или северных областей, где цыплят называли именно «цыпками», а не «курчатами». В официальных переписях XIX века встречаются крестьяне с фамилией Цыпушкин в Вятской и Костромской губерниях — в регионах, где было развито птицеводство.

Существует и менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «цыпать» — ходить мелкими шажками, семенить. Но в этом случае прозвище всё равно отсылало бы к той же внешней или поведенческой черте. Спорных гипотез здесь нет: корень прозрачный, и фамилия не переосмысливалась в другие значения.

Сегодня Цыпушкина — фамилия редкая, но не исчезнувшая. Её носительницы живут в основном в европейской части России, а также в странах бывшего СССР. Поиск по базам данных показывает, что большинство Цыпушкиных — женщины, что естественно для патронимической фамилии с окончанием -а.