Фамилия Цышнатий — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение, скорее всего, не славянское, а прибалтийское или, точнее, литовское. Об этом говорит характерное окончание -ий, которое в русских фамилиях обычно указывает на прилагательное (как «Толстой» или «Благой»), но в данном случае имеет иное происхождение. В литовском языке суффикс -atis (адаптированный как -атий) — распространённый патронимический показатель, то есть «сын такого-то». Соответственно, Цышнатий могло означать «сын Цышнаса» или «потомок Цышны».

Основу фамилии «Цышн-» можно связать с литовским словом «čižti» или его диалектными вариантами, означающими «чирикать», «свистеть», «пищать». В этом случае прозвище Цышна (или Цышнас) мог получить человек с тонким, высоким голосом, либо тот, кто подражал птицам, либо, что менее вероятно, обладатель некой свистульки или дудки. Вторая версия — основа происходит от балтийского корня «čyž-» (чиж), и тогда прозвище могло быть связано с птицей чижом: либо по внешнему сходству (пёстрый, мелкий), либо по характеру (суетливый, подвижный).

Географически фамилия Цышнатий должна быть привязана к западу России или Беларуси, а именно к территориям, входившим в состав Великого княжества Литовского. В этих краях литовские и жемайтийские фамилии на -атис нередко русифицировались, получая окончание -ий. Встретить носителей фамилии можно среди потомков литовской шляхты или крестьян, переселившихся в центральные губернии после разделов Речи Посполитой. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была невысокой: прозвища по голосу или птице давали в основном простым людям, а не знати.

Словообразовательная модель здесь необычна: в русском языке фамилии с суффиксом -ий образуются от прилагательных, а Цышнатий — это субстантивированное прилагательное, перешедшее из патронимической формы. То есть сначала было личное прозвище Цышна, потом от него образовали отчество «Цышнатис» (сын Цышны), которое при записи в русские документы превратилось в Цышнатий. Это делает фамилию не просто редкой, но и интересной с точки зрения межъязыкового контакта: она сохранила прибалтийскую грамматику в русской орфографии.