Фамилия Цюбченко — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок» (как уменьшительно-патронимическая форма), был особенно распространён на Левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина) и в казацкой среде. Таким образом, Цюбченко — это буквально «маленький Цюбок» или «сын Цюбка». Вопрос упирается в основу — прозвище Цюбко.

Самая правдоподобная версия связывает основу с диалектным украинским словом «цюбка» или «цюбки». В говорах западных и центральных областей Украины так называли чубы, кудри, длинные волосы или даже хохол. Человек с заметным, торчащим чубом или пышной шевелюрой легко мог получить прозвище Цюбко. Суффикс -ко в основе — это характерный украинский уменьшительный или прозвищный формант (сравните: Грицько, Петько), поэтому Цюбко — это не просто «чуб», а «чубатый», «хохлатый». Вариант «Цюб» или «Цюба» как основа тоже возможен, но менее употребителен.

Менее вероятна, но не исключена версия от польского или немецкого корня. В немецком «Ziebe» (от «Ziebel» — лук) или «Zubehör» (принадлежность) могли дать прозвище ремесленнику, но для украинского ареала это редкость. Также существует старинное польское слово «ciubek» — «верхушка», «кончик», что снова отсылает к значению «хохолок» или «выступающая часть». Однако в контексте фамилии Цюбченко украинская диалектная основа с семантикой «чуб» выглядит наиболее естественной и подтверждается типичной для региона словообразовательной цепочкой: прозвище Цюбко → патроним Цюбченко.

Фамилия не относится к дворянским или аристократическим (суффикс -енко для этого нехарактерен), её носители — потомки казаков, крестьян или мещан. Встречается она преимущественно в Украине, особенно в центральных и восточных областях, а также в Краснодарском крае России, куда фамилия попала с переселенцами из Малороссии. В написании возможны варианты через «и» (Цюбченко), но это просто результат разнобоя в документах XIX века.