Фамилия Цюпера — редкая и неочевидная для русского уха. Её форма сразу выдаёт нерусское происхождение: окончание -а в именительном падеже мужского рода типично для фамилий украинских, белорусских или польских, а также для некоторых западнославянских и балтийских фамилий, которые склоняются как существительные женского рода. В русской традиции такие фамилии нередко оставляли без изменения (как Шевченко или Короленко), но Цюпера склоняется: нет Цюперы, дать Цюпере.

Основа фамилии — «цюпер» — скорее всего, восходит к западнославянскому или украинскому диалектному слову. Наиболее вероятная версия: от польского «cupra» или «cuper» — так в старопольских говорах называли чуб, хохол, вихор на голове. Прозвище Цюпера могли дать человеку с торчащими волосами, непослушной шевелюрой или просто тому, кто носил характерную причёску. В украинских диалектах есть слово «цюпер» в значении «хохолок», «петушиный гребень» — это тоже указывает на внешний признак.

Менее распространённая версия связывает фамилию с немецким «Züper» (от «Zieper» — капризный, своенравный человек) или с названием профессии. Однако для немецких фамилий типично окончание -ер, а не -а, поэтому славянская основа выглядит убедительнее. В пользу славянского происхождения говорит и суффиксальная модель: -ера — редкий, но встречающийся в украинских и белорусских фамилиях формант, который мог закрепиться в результате адаптации прозвища.

Географически фамилия Цюпера тяготеет к западным регионам Украины (Волынь, Подолье) и югу Беларуси, где исторически было сильное польское влияние. В России она встречается единично, чаще всего у потомков переселенцев из этих земель. В дореволюционных переписях фамилия почти не фиксируется — это говорит о её локальном бытовании и, вероятно, позднем закреплении в письменных источниках.

Социально носители фамилии Цюпера, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не значится. Если ваши предки носили эту фамилию, они могли происходить из среды свободных сельских обывателей, а само прозвище — яркое и насмешливое — закрепилось за кем-то с заметной внешностью.