Фамилия Тунейкина — женская форма мужской фамилии Тунейкин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В отличие от популярных фамилий на -ов, эта образована с помощью суффикса -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — «Тунейкин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Тунейка. Само прозвище Тунейка — это, скорее всего, не полное имя, а производная форма от канонического имени или от существительного.

Самый вероятный корень — диалектное слово «туней», которое в ряде говоров (особенно северных и сибирских) означало «лентяй», «бездельник», «дармоед». В словаре Даля «туней» — это тунеядец, человек, живущий чужим трудом. Прозвище Тунейка могли дать нерадивому работнику или человеку, который не занимался хозяйством. В таком случае фамилия Тунейкина — это «дочь (или жена) того, кого звали Тунейкой». Суффикс -к- в основе прозвища мог носить пренебрежительный или уменьшительный оттенок.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть слово «төн» (ночь), от которого могли образовать прозвище Төнәй — «ночной», «полуночник». Однако для фамилии Тунейкина такая этимология менее характерна: суффикс -ин и окончание -а типичны для русской, а не тюркской модели.

Фамилия редкая, в исторических документах почти не встречается. Это указывает на её позднее закрепление (вероятно, в XVIII–XIX веках) и на то, что носители происходили из крестьянской или мещанской среды, где прозвища часто давались по поведению. Географически фамилия может быть связана с Поволжьем или северными областями России, где слово «туней» было в ходу. Однокоренных фамилий (Тунеев, Тунеевский) практически нет, что делает Тунейкина уникальным вариантом.