Фамилия Тунтуниев — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней нет привычного корня, связанного с ремеслом или именем. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная русским суффиксом -ев.

Разберём модель. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Тунтуниев, то есть сын или потомок Тунтуния. Сама основа «Тунтуний» — это русифицированная форма тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть корень «тун» (ночь, темный) или «тунту» (схваченный, пойманный). Возможна связь с карачаево-балкарским словом «тунтуу» — «закрытый, глухой», что могло стать прозвищем замкнутого человека.

Вторая версия — фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта, например, от села Тунтун в Дагестане или Тунтука в Азербайджане. В таком случае первоначально она звучала бы как Тунтунский, но при переходе в русскую среду суффикс изменился на -ев, а «Тунтун» превратилось в «Тунтуний» по аналогии с отчествами.

Географически фамилия встречается в основном на Северном Кавказе, особенно среди осетин и карачаевцев, а также в среде русских старожилов Ставрополья. Это подтверждает версию о тюркском или кавказском корне. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, так как дворянские роды с такой фамилией не зафиксированы.

Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилию Тунтуков, где основа «тунтук» означает «глухой» в переносном смысле. Тунтуниев — более редкий вариант, сохранивший архаичную форму основы с окончанием -ий, что типично для фамилий, образованных от тюркских имён в XIX веке.