Фамилия Тунтуева — редкий пример фамилии, образованной от тюркского корня, который встречается в башкирском, татарском и казахском языках. В основе лежит слово «тунтуй» или «тунту» — в разных диалектах оно может означать «глухой», «нелюдимый» или, по другой версии, «коротышка», «приземистый». В ономастике такие прозвища часто давали не столько за физический недостаток, сколько за характер: замкнутого, молчаливого человека могли прозвать Тунтуем. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Тунтуев, то есть сын или потомок человека с прозвищем Тунтуй. Женская форма Тунтуева закрепилась в документах как стандартное окончание для женщин в русской паспортной системе.

Географически фамилия сосредоточена в двух регионах: Башкортостан и Оренбургская область. Встречается также у чеченцев и ингушей, но там, скорее всего, это более позднее заимствование или случайное совпадение — в вайнахских языках есть похожее слово «тӏунтӏуй», означающее «увалень», что могло дать независимую фамилию. Сравнение с однокоренными фамилиями (Тунтуев, Тунтаев, Тунтубаев) показывает, что основа чаще всего оформлялась через -ев, реже через -ин, что типично для тюркских прозвищ, адаптированных русской администрацией в XIX веке.

Поскольку фамилия редкая, её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких родов в южных районах Башкирии. В метрических книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков она почти не встречается — это говорит о том, что предки были либо государственными крестьянами, либо тептярами (сословие, близкое к башкирам, но платившее особый налог). Сословная принадлежность точно не установлена, но отсутствие дворянских ветвей и привязка к сельской местности указывают на крестьянские корни.