Фамилия Тутомины образована от личного прозвища Тутома — такой тип фамилий широко распространен в русской ономастике. В основе прозвища, по наиболее вероятной версии, лежит глагол «тутать», то есть часто употреблять в речи слово «тут» или «тута». Человека, у которого «тута» было словом-паразитом, окружающие легко могли прозвать Тутомой, а уже его потомки со временем стали писаться Тутомиными. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Тутомин буквально означает «сын Тутомы», «ребенок Тутомы», что типично для фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а.

Существует и альтернативная гипотеза, связывающая прозвище с болгарским словом tutоj — «плот, рубленая лодка». Если принять эту версию, то Тутомой могли прозвать мастера, который занимался изготовлением плотов или лодок. Однако эта версия выглядит менее убедительной для исконно русского прозвища: слишком уж специфично болгарское заимствование для обиходной речи, тогда как связь с местным диалектным словом «тута» объясняет прозвище естественнее и проще. К тому же глагол «тутать» встречается в севернорусских говорах, что дает возможную региональную привязку фамилии.

Сама модель образования — от прозвища с суффиксом -ома (Тутома, как, например, Ерема или Фома) — характерна для древнерусской антропонимии. Такие прозвища не были именами в церковном смысле, их давали в быту, и они часто отражали манеру речи, привычки или род занятий человека. О точном месте и времени возникновения фамилии Тутомин говорить сложно: процесс формирования фамилий у разных сословий растянулся на несколько столетий, и письменные источники по такой редкой фамилии могли не сохраниться или еще не найдены. Тем не менее, фамилия Тутомины — это живой памятник славянской культуры, сохранивший в себе отголосок живого народного слова, которое когда-то дало прозвище, а затем и фамилию целому роду.