Фамилия Тужакова — женская форма фамилии Тужаков, а та, скорее всего, образована от прозвища или некрестильного имени Тужак. В основе этого прозвища лежит глагол «тужить», то есть горевать, печалиться, испытывать нужду. «Тужаком» в русских говорах могли назвать человека, который часто жалуется на жизнь, сетует на судьбу или, напротив, того, кто вызывает сочувствие своим тяжелым положением.

Словообразовательная модель здесь проста: корень «туж-», суффикс «-ак» (характерный для прозвищ по действию или свойству, ср. «гуляка», «зевáка»), и далее стандартный русский патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — Тужаков). Фамилия Тужакова, таким образом, означает «дочь или жена Тужакова». Мужская форма Тужаков закрепилась за главой рода, а женская стала передаваться по наследству.

В отличие от фамилий, образованных от церковных имён (Иванов, Петров), Тужакова происходит от мирского прозвища. Это не редкость для крестьянской и мещанской среды: прозвище давали по характеру, внешности или занятию, и оно могло стать наследственным, вытеснив официальное имя. В данном случае прозвище Тужак не было обидным — скорее, описательным, как многие бытовые именования на Руси.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где глагол «тужить» был особенно употребителен. Встречается она и на Урале, в Сибири — в местах, куда переселялись крестьяне из этих регионов. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные модели с суффиксом «-ак» описываются как типичные для севернорусской и сибирской ономастики.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются связать с тюркским корнем «туж» (родственник, племянник), но это маловероятно: фамилия звучит по-русски и образована по русской модели, а в тюркских языках фамилии с таким окончанием редки. Правдоподобнее всего — славянское происхождение от «тужить», без экзотических заимствований.