Фамилия Уакин — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом не даёт очевидной подсказки о происхождении. В ней нет привычных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу настораживает: перед нами либо поздняя адаптация иноязычной фамилии, либо результат искажения исходной формы при переписи или в канцелярии.

Скорее всего, фамилия Уакин — это русифицированный вариант английской или французской фамилии. Проще всего предположить, что в основе лежит английское имя Joaquin, которое в испанском и англоязычном мире произносится как «Уакин». В русской среде такое имя могли записать на слух, отбросив начальный звук, и оформить по модели «Уакин» — как если бы это была фамилия с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность («чей?» — Уакин). В этом случае предок мог быть иностранцем, моряком, купцом или специалистом, приехавшим в Россию, чью фамилию адаптировали на русский лад.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная для южных регионов России: фамилия могла возникнуть из тюркского прозвища. В тюркских языках есть корень «уак» — мелкий, крошечный, ничтожный. Прозвище Уака могли дать человеку невысокого роста или младшему в семье. Тогда фамилия Уакин — это притяжательная форма от этого прозвища, образованная уже по русской модели. Однако на пути этой версии стоит редкость такого корня в русском ономастиконе: фамилии на -ак обычно дают другие суффиксы (Уаков, Уакин — скорее исключение).

Географически фамилия Уакин встречается единично, в основном на Дальнем Востоке и в крупных портовых городах, что косвенно подтверждает версию об иноязычном происхождении через контакты с иностранцами. В центральных и южных областях России она практически не фиксируется.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия не древняя и не крестьянская по происхождению. Она из тех, что появились не в среде русского большинства, а на стыке культур — либо как запись чужого имени, либо как редкое прозвище, которое не успело обрасти вариантами и потеряться в массе.